A denominação Boipeba originou-se do Tupi e significa “cobra chata”. A ilha de Boipeba passou a ser povoada a partir do século 17. Hoje existem três povoados em Boipeba: Velha Boipeba, Moreré e São Sebastião. O maior e o que conta com mais infraestrutura é o de Velha Boipeba. A economia da ilha é movida principalmente pela pesca, mas o turismo está crescendo e representando uma importante fonte de renda para a comunidade. Atualmente calcula-se que existam em torno de 30 pousadas, sendo a maioria com estruturas familiares e pequenas.
Povoado de Velha Boipeba – localizado na parte central da ilha é onde reside a maior parte dos moradores de Boipeba, apesar de ter um fluxo maior de pessoas na alta temporada, Velha Boipeba conserva os ares primitivos do antigo vilarejo de pescadores e está repleto de encantos. É nele que fica a Igreja do Divino Espírito Santo (padroeiro de Boipeba), datada do século 17; a Praça Santo Antônio, onde à noite várias barraquinhas vendem delícias típicas e artesanatos e a charmosa rua de Pedras onde ficam alguns restaurantes, pousadas e hotéis e casas de moradores. Pelas outras ruas do povoado encontram-se ainda vários restaurantes. A maioria serve frutos do mar com grande oferta de peixes, camarão, polvo, caranguejo, lambretas e outros. Mas existem também outros tipos de culinária como a italiana com massas e pizzas. Ao lado de Velha Boipeba está outro povoado da ilha, Moreré.
Situado entre a Ponta dos Castelhanos e Velha Boipeba, Moreré é o segundo povoado com mais estrutura, porém com poucas pousadas e restaurantes. As piscinas naturais que se formam na maré baixa tornaram Moreré conhecido e diariamente os turistas que fazem os passeios que saem de Morro de São Paulo visitam o povoado. Moreré é considerada uma das 15 praias mais bonitas do Brasil e preferida pelos turistas da Ilha de Boipeba. Moreré oferece bem mais que a exuberante natureza. Na beira da praia, entre os coqueiros e dendezeiros, estão aconchegantes restaurantes. Todos são bem conhecidos e frequentados por quem visita a praia. Um destes restaurantes é o Restaurante Paraíso, cujos proprietários são Seu Gentil e Dona Angélica. A especialidade do restaurante, além da simpatia de Seu Gentil, são os frutos do mar e o prato mais vendido é a moqueca de camarão com banana da terra. Quem prepara a moqueca é Dona Angélica com ajuda de suas funcionárias e a fama já se espalhou pelo Brasil e até já recebeu visitantes ilustres como atores e apresentadores de TV como o jornalista Pedro Bial da Rede Globo. Vale a pena provar a moqueca do Paraíso!
O último povoado de Boipeba é o de São Sebastião.
Localizado na parte sul da ilha, este povoado é também chamado de Cova da Onça, devido a existência de uma antiga gruta que havia no local e que até hoje é assunto nas histórias dos moradores que garantem que a gruta serviu como esconderijo aos jesuítas para se esconderem dos ataques dos índios no período da colonização.