Durante a colonização do Brasil o litoral da Bahia era habitado pelas tribos indígenas dos Aimorés, Tupinambás e Tupiniquins.
No Arquipélago de Tinharé predominavam os índios Tupinambás e em Cairú, sede administrativa do arquipélago, estava a maioria das tribos indígenas da região.
A colonização do país começou por volta de 1516 e nesta época a Bahia foi dividida em três capitanias, passando a partir do século 18 a fazer parte da Coroa.
Neste período começaram as ações catequizadoras no país e os franciscanos foram os primeiros a chegar, porém, os jesuítas foram quem desempenharam o papel principal nas catequizações e em 1549 chegaram junto com o I Governador Geral do Brasil, Tomé de Souza. Nesta época foram criadas várias aldeias comandadas pelos jesuítas e no ano de 1563, Mem de Sá doou à Bahia a “Sesmaria das doze léguas de Camamú”, onde foi fundada a Aldeia e Residência de Boipeba.
No início, Boipeba passou a produzir vários gêneros alimentícios e abastecer a capital, Salvador e outras cidades da região baiana. Rapidamente Boipeba desenvolveu-se devido à chegada de colonos que fugiam dos ataques dos Aimorés.
Entre os anos de 1608 e 1610, Boipeba foi elevada a condição de Vila e neste período foi erguida pelos jesuítas a Igreja do Divino Espírito Santo, o maior e mais importante monumento histórico da ilha.
Durante o século 18 foram introduzidas na região as culturas do cacau, cravo-da-Índia, canela e café . Devido à posição estratégica a região de Tinharé passou a sofrer diversos ataques dos holandeses e em 1631 o Governador Diogo Luis de Oliveira mandou construir o Forte de Morro de São Paulo e até 1730 a fortaleza passou por várias mudanças e ampliações se tornando a maior fortificação localizada na costa brasileira na época. A partir disso a região de Tinharé ficou em evidência, passando a ser vista por todo o estado baiano e foi se desenvolvendo. A primeira ilha a ser descoberta turisticamente foi Morro de São Paulo e aos poucos Boipeba passou a acompanhar os passos da ilha mais famosa de Tinharé, porém, de forma mais calma e cuidadosa.