Descoberto pelo navegador português Martin Afonso de Souza em 1531, Morro de São Paulo teve parte na história da colonização do Brasil. Poucos sabem, mas foi palco inclusive para Segunda Guerra Mundial onde os nazistas naufragaram navios em frente à Primeira Praia, motivo pelo qual fez o Brasil entrar na guerra. Muitos dos náufragos foram ajudados pelos nativos que lá estavam, e que recordam até hoje como uma época de medo.
Apesar de seu descobrimento ter ocorrido junto com o do país, até pouco tempo atrás ainda era um lugar tranquilo de se viver. Conforme os antigos moradores, nativos do local contam, a sobrevivência era basicamente a pesca. Um pequeno vilarejo onde até a década de 70 não havia telefone e luz elétrica, o primeiro gerador somente entre às 17h até as 22h. A luz elétrica só veio para Morro de São Paulo em 1985.
Os moradores tomavam banhos coletivos na Fonte Grande – sistema de abastecimento de água construído no século XVII. Foi também nos anos setenta que a pacata vila começou um processo de ser descoberto pelo mundo que hoje faz de Morro de São Paulo o terceiro pólo turístico da Bahia. Nesta época começaram a aparecer os primeiros veranistas das cidades das redondezas, e passavam na ilha o verão todo. Inicialmente alugavam as casas dos pescadores, depois de um tempo, começaram a construir suas chamadas casas de veraneio, localizadas principalmente na Primeira Praia.
Depois foi a vez dos mochileiros e hippies que vieram desfrutar deste paraíso de belíssimas praias e mata atlântica ainda pouco explorada. Foram estes quem divulgaram Morro de São Paulo para o Brasil e o resto do mundo, trazendo inúmeros visitantes e muitos encantados pela beleza e a vida sossegada do local a abandonarem suas vidas nas metrópoles. Esta mistura de raças e culturas dos estrangeiros que na ilha habitam, se misturaram com a cultura local, dando a Morro de São Paulo uma característica única de um lugar que parece pertencer ao mundo, onde todos que conhecem se sentem em casa.
Devido a essa avalanche de novos moradores e turistas que frequentavam a ilha, as casas de pescadores nativos foram transformando-se em Pousadas e Hotéis, Restaurantes, Lojas, Farmácias, Sorveterias, Lanchonetes, Bijouterias e também Posto de Saúde, Escolas, Delegacia, Secretaria, etc. Desta forma a infra-estrutura e o progresso começaram a aparecer – progresso é demorado e difícil, uma vez que Morro de São Paulo é uma ilha sem conexão com o continente. Mesmo assim a ilha foi crescendo sem parar.
Nas praias onde havia imensas fazendas de coqueirais começaram a aparecer também restaurantes, pousadas, sorveterias, festas e os terrenos que lá estavam sendo vendidos ou com donos estrangeiros que não apareciam anos no Morro de São Paulo. Nesta época surgiram as chamadas invasões, sendo novos moradores que construíam suas casas a deriva e de forma desorganizada principalmente na Segunda Praia e Terceira Praia. Mas mesmo tendo sido feitas tantas transformações Morro de São Paulo ainda preserva a beleza natural de suas praias.
A ilha não tem conexão com o continente, Morro de São Paulo situa-se a 64 quilômetros ao sul da capital baiana Salvador, em um linha reta, do Terminal Marítimo de Morro de São Paulo até o Terminal Marítimo de Salvador, passando pelo alto mar (mar aberto), ou seja 34 milhas marítimas. É distrito da cidade de Cairú – única ilha do arquipélago onde há uma ponte que liga ao continente. Assim, na vila de Morro de São Paulo e nas praias, não tem circulação de veículos, exceto da polícia, ambulância e tratores para a retirada do lixo. Paralelo a Segunda Praia existe a rua e o receptivo dos hotéis afastados da Quarta Praia e Quinta Praia para o acesso de seus hóspedes com a vila, através de seus veículos 4×4, simm, Morro de São Paulo é aventura, não há nada de luxo, tudo rústico e confortável, e uma pista de pouso de uma empresa de taxi aéreo que realiza o transfer entre Salvador e Morro de São Paulo somente em 25 minutinhos.
As praias são em ordem, a Primeira Praia mais frequentada pelos nativos, a Segunda Praia que garante o agito durante o dia e a noite, é a Terceira Praia com todos os tipos de hotéis, menos agitada, muito bonita, mas com fácil acesso ao centro. A Quarta Praia que é a maior, porém muito pouco frequentada, com águas claras e mornas, e a última, a Quinta Praia de Morro de São Paulo, mais isolada e semi deserta com luxuosos hotéis e pousadas.
Além das belezas naturais da ilha, atualmente ela oferece restaurantes com comida típica e requintada, inúmeras pousadas, hotéis, êco resorts, padarias, mercados, cyber cafés, lojas, feira de artesanato e uma riquíssima vida noturna. Os esportes também são comuns como o mergulho com cilindro ou snorkel, vôlei de praia, futebol e futevôlei, surf, kitesurf, vela, caminhadas, cavalgadas, caiaque, passeios de bicicleta, natação, banana boat e a maior tiroleza do Brasil.
É por isso que Morro de São Paulo atende e agrada a todos os tipos de turistas. Desde aqueles que preferem a tranqüilidade e comodidade de hotéis que oferecem todo o conforto para seus hóspedes em praias maravilhosas semi deserta, até o turista mochileiro. A ilha agrada casais em lua de mel e aventureiros, aqueles que preferem o dia e os que curtem baladas até o amanhecer. Neste paraíso longe da vida agitada das metrópoles todos tem diversão garantida.